This is an alignment of 29 retroviral reverse transcriptase
sequences and is based on the Eickbush alignment reported in:
Xiong, Y. & Eickbush, T.H. (1990) EMBO J. 9, 3353-3362
The alignment is shown for residues 44 to 234 in the HIV-1 RT.
The role for certain residues in the HIV-1 RT is listed at the bottom
of the alignment (f = critical for function, s = critical for protein
stability, and e = external residues). This classification is based
on our genetic analysis and is reported in:
Wrobel et al. (1998) PNAS 95, 638-645
44 50 60 70 73
| | | | |
HIV1 E G K I S K I G P E N P Y N T P V F A I K K K D S T K W R K
SIVagm E G K I S R V G G E N A Y N T P I F C I K K K D K S Q W R M
HIV2rod E G Q L E E A P P T N P Y N T P T F A I K K K D K N K W R M
SIVmac D G Q L E E A P P T N P Y N T P T F A I K K K D K N K W R M
EIAV E G K I S E A S D N N P Y N S P I F V I K K K S G K . W R L
FIV E G K V K R A D S N N P W N T P V F A I K K K S G K . W R M
VISNA E G K V G R A P P H W T C N T P I F C I K K K S G K . W R M
CAEV K K K L G K A P P H W T C N T P I F C I K K K S G K . W K M
SIVmnd E G K I S R V D P G N N Y N T P I F A I K K K D K N E W R K
BIV E G K I S E A A W D N P Y N T P V F V I K K K G T G R W R M
SRV2 L Q A G H I I E S N S P W N T P I F V I K K K S G K . W R L
SRV1 L E A G H I T E S N S P W N T P I F V I K K K S G K . W R L
SMRV-H L A A G H I E P T N S P W N T P I F I I K K K S G S . W R L
HERV-K L E K G H I E P S F S P W N S P V F V I Q K K S G K . W H T
MPMV L E A G H I T E S S S P W N T P I F V I K K K S G K . W R L
MMTV L Q L G H L E E S N S P W N T P V F V I K K K S G K . W R L
IAP-M L K L G H I D P S T S P D N T P I F V I K K K S G K . W R L
IAP-H E R L G H L E P S T S P W N T P I F V I K K K S G K . W R L
RSV L Q L G H I E P S L S C W N T P V F V I R K A S G S . Y R L
BLV L E A G Y I S P W D G P G N N P V F P V R K P N G A . W R F
HTLV2 L E A G H I E P Y S G P G N N P V F P V K K P N G K . W R F
HTLV1 L E A G H I E P Y T G P G N N P V F P V K K A N G T . W R F
MuRRS L Q L G I L V P C Q S P W N T P L L S V K K P G T S D Y * P
HERV-E R T F R I I V P C Q S P W N T P L L P V P K P G T K . Y R P
BaERV L E L G V L R P C R S P W N T P L L P V K K P G T Q D Y R P
GaLV L D L G V L V P C R S P W N T P L L P V K K P G T N D Y R P
FeLV L D Q G I L K P C Q S P W N T P L L P V K K P G T K D Y R P
MuLV L D Q G I L V P C Q S P W N T P L L P V K K P G T N D Y R P
HSRV L K Q G V L T P Q N S T M N T P V Y P V P K P D G R . W R M
role
74 80 90 100
| | | |
HIV1 L V D F R E L N K R T Q D F W E V Q L G I P H P A G . . L K
SIVagm L V D F R E L N K A T Q D F F E V Q L G I P H P A G . . L R
HIV2rod L I D F R E L N K V T Q D F T E I Q L G I P H P A G . . L A
SIVmac L I D F R E L N R V T Q D F T E V Q L G I P H P A G . . L A
EIAV L Q D L R E L N K T V Q V G T E I S R G L P H P G G . . L I
FIV L I D F R E L N K L T E K G A E V Q L G L P H P A G . . L Q
VISNA L I D F R E L N K Q T E D L A E A Q L G L P H P G G . . L Q
CAEV L I D F R K L N K Q T E D L T E A Q L G L P H P G G . . L Q
SIVmnd L I D F R E L N K L T Q D F H E L Q L G I P H P A G . . I K
BIV L M D F R E L N K I T V K G Q E F S T G L P Y P P G . . I K
SRV2 L Q D L R A V N A T M V L M G A L Q P G L P S P V A . . I P
SRV1 L Q D L R A V N A T M V L M G A L Q P G L P S P V A . . I P
SMRV-H L Q D L R A V N K V M V P M G A L Q P G L P S P V A . . I P
HERV-K L T D L R A V N A V I Q P M G P L Q P G L P S P A M . . I P
MPMV L Q D L R A V N A T M V L M G A L Q P G L P S P V A . . I P
MMTV L Q D L R A V N A T M H D M G A L Q P G L P S P V A . . V P
IAP-M L H D L R P I N E Q M A L F G P V Q R G L P V L S R . . L P
IAP-H L H D L R A I N N Q M H L F G P V Q R G L P L L S A . . L P
RSV L H D L R A V N A K L V P F G A V Q Q G A P V L S A . . L P
BLV V H D L R A T N A L T K P I P A L S P G P P D L T A . I P T
HTLV2 I H D L R A T N A I T T T L T S P S P G P P D L T S . L P T
HTLV1 I H D L R A T N S L T I D L S S S S P G P P D L S S . L P T
MuRRS V Q D L R E V N K P V Q D I H P T V P N P Y N L L S S L P P
HERV-E V Q D L R L V N Q A T V T L H P T V P N L Y T L L G L L P A
BaERV V Q D L R E I N K R T V D I H P T V P N P Y N L L S T L K P
GaLV V Q D L R E I N K R V Q D I H P T V P N P Y N L L S S L P P
FeLV V Q D L R E V N K R V E D I H P T V P N P Y N L L S T L P P
MuLV V Q D L R E V N K R V E D I H P T V P N P Y N L L S G L P P
HSRV V L D Y R E V N K T I P L T A A Q N Q H S A G I L A . T I V
role f s f e
102 110 120 130
| | | |
HIV1 K K K S V T V L D V G D A Y F S V P L D E D F R K Y T A F T
SIVagm K M R Q I T V L D V G D A Y Y S I P L D P N F R K Y T A F T
HIV2rod K K R R I T V L D V G D A Y F S I P L H E D F R P Y T A F T
SIVmac K R K R I T V L D I G D A Y F S I P L D E E F R Q Y T A F T
EIAV K C K H M Y V L D I G D A Y F T I P L D P E F R P Y T A F T
FIV I K K Q V T V L D I G D A Y F T I P L D P D Y A P Y T A F T
VISNA R K K H V T I L D I G D A Y F T I P L Y E P Y R Q Y T C F T
CAEV K K K H V T I L D I G D A Y F T I P L Y K P Y R E Y T C F T
SIVmnd K C K R I T V L D I G D A Y F S I P L D P D Y R P Y T A F T
BIV E C E H L T A I D I K D A Y F T I P L H E D F R P F T A F S
SRV2 Q G Y F K I V I D L K D C F F T I P L Q P V D Q K R F A F S
SRV1 Q G Y L K I I I D L K D C F F S I P L H P S D Q K R F A F S
SMRV-H L N Y H K I V I D L K D C F F T I P L H P E D R P Y F A F S
HERV-K K D W P L I I I D L K D C F F T I P L A E Q D C E K F A F T
MPMV Q G Y L K I I I D L K D C F F S I P L H P S D Q K R F A F S
MMTV K G W E I I I I D L Q D C F F N I K L H P E D C K R F A F S
IAP-M R G W N L I I I D I K D C F F S I P L C P R D R P R F A F T
IAP-H Q D W K L I I I D I K D C F F S I P L Y P R D R P R F A F T
RSV R G W P L M V L D L K D C F F S I P L A E Q D R E A F A F T
BLV H P P H I I C L D L K D A F F Q I P V E D R F R F Y L S F T
HTLV2 A L P H L Q T I D L T D A F F Q I P L P K Q Y Q P Y F A F T
HTLV1 T L A H L Q T I D L R D A F F Q I P L P K Q F Q P Y F A F T
MuRRS E Q K W Y T V L D L K D A F F C L K L H P S S Q P I F A F E
HERV-E E D S W F T C L D L K D A F F S I R L A P E R Q K L F A F Q
BaERV D Y S W Y T V L D L K D A F F C L P L A P Q S Q E L F A F E
GaLV S Y T W Y S V L D L K D A F F C L R L H P N S Q P L F A F E
FeLV S H P W Y T V L D L K D A F F C L R L H S E S Q L L F A F E
MuLV S H Q W Y T V L D L K D A F F C L R L H P T S Q P L F A F E
HSRV R Q K Y K T T L D L A N G F W A H P I T P E S Y W L T A F T
role e e e s s f f f s s s s s s s s s s
132 140 150 160
| | | |
HIV1 I P S I N N E T P G I R Y Q Y N V L P Q G W K G S P A I F Q
SIVagm I P T V N N Q G P G I R Y Q F N C L P Q G W K G S P T I F Q
HIV2rod L P S V N N A E P G K R Y I Y K V L P Q G W K G S P A I F Q
SIVmac L P S V N N A E P G K R Y I Y K V L P Q G W K G S P A I F Q
EIAV I P S I N H Q E P D K R Y V W N C L P Q G F V L S P Y I Y Q
FIV L P R K N N A G P G R R F V W C S L P Q G W I L S P L I Y Q
VISNA M L S P N N L G P C V R Y Y W K V L P Q G W K L S P A V Y Q
CAEV L L S P N N L G P C K R Y Y W K V L P Q G W K L S P S V Y Q
SIVmnd V P S V N N Q A P G K R Y M Y N V L P Q G W K G S P C I F Q
BIV V V P V N R E G P I E R F Q W N V L P Q G W V C S P A I Y Q
SRV2 L P S T N F K Q P M K R Y Q W K V L P Q G M A N S P T L C Q
SRV1 L P S T N F K E P M Q R F Q W K V L P Q R M A N S P T L C Q
SMRV-H V P Q I N F Q S P M P R Y Q W K V L P Q G M A N S P T L C Q
HERV-K I P A I N N K E P A T R F Q W K V L P Q G M L N S P T I C Q
MPMV L P S T N F K E P M Q R P Q W K V L P Q G M A N S P T L C Q
MMTV V P S P N F K R P Y Q R F Q W K V L P Q G M K N S P T L C Q
IAP-M A P S I N S D E P D N R Y Q W K V L P Q G M S N S P T M C Q
IAP-H I P S L N H M E P D K R F Q W K V L P Q G M A N S P T I C Q
RSV L P S V N N Q A P A R R F Q W K V L P Q G M T C S P T I C Q
BLV L P S P G G L Q P H R R F A W R V L P Q G F I N S P A L F E
HTLV2 I P Q P C N Y G P G T R Y A W T V L P Q G F K N S P T L F E
HTLV1 V P Q Q C N Y G P G T R Y A W K V L P Q G F K N S P T L F E
MuRRS W R D P D T . G Q T G Q L T W M W * P Q E F K N S P T L F D
HERV-E W E D P E S . G V T T Q Y T W T Q L P Q R F K N S P T I F G
BaERV W K D P E R . G I S G Q L T W T R L P Q G F K N S P T L F D
GaLV W K D P E K . G N T G Q L T W T R L P Q G F K N S P T L F D
FeLV W R D P E I . G L S G Q L T W T R L P Q G F K N S P T L F D
MuLV W R D P E M . G I S G Q L T W T R L P Q G F K N S P T L F D
HSRV W Q . . . . . . . G K Q Y C W T R L P Q G F L N S P A L F T
role s s f e f e s s s s s s s s f f f s
162 170 180 190
| | | |
HIV1 S S M T K I L E P F R K Q N P D I V I Y Q Y M D D L Y V G S
SIVagm N T A A S I L E E I K R N L P A L T I V Q Y M D D L W V G S
HIV2rod H T M R Q V L E P F R K A N K D V I I I Q Y M D D I L I A S
SIVmac Y T M R H V L E P F R K A N P D V T L V Q Y M D D I L I A S
EIAV K T L Q E I L Q P F R E R Y P E V Q L Y Q Y M D D L F V G S
FIV S T L D N I I Q P F I R Q N P Q L D I Y Q Y M D D I Y I G S
VISNA F T M Q K I L R G W I E E H P M I Q F G I Y M D D I Y I G S
CAEV F T M Q E I L G E W I Q E H P E I Q F R I Y M D D I Y I R S
SIVmnd G T V A S L L E V F R K N H P T V Q L Y Q Y M D D L F V G S
BIV T T T Q K I I E N I K K S H P D V M L Y Q Y M D D L L I G S
SRV2 K Y V A A A I E P V R K S W A Q M Y I I H Y M D D I L I A G
SRV1 K Y V A T A I H K V R H A W K Q M Y I I H Y M D D I L I A G
SMRV-H K F V A A A I A P V R S Q W P E A Y I L H Y M D D I L L A C
HERV-K T F V G R A L Q P V R E K F S D C Y I I H Y I D D I L C A A
MPMV K Y V A T A I H K V R H A W K Q M Y I I H Y M D D I L I A G
MMTV K F V D K A I L T V R D K Y Q D S Y I V H Y M D D I L L A H
IAP-M L Y V Q E A L L P V R E Q F P S L I L L L Y M D D I L L C H
IAP-H L Y V Q E A L E P I R K Q F T S L I V I H Y M D D I L I C H
RSV L V V G Q V L E P L R L K H P S L C M L H Y M D D L L L A A
BLV R A L Q E P L R Q V S A A F S Q S L L V S Y M D D I L Y A S
HTLV2 Q Q L A A V L N P M R K M F P T S T I V Q Y M D D I L L A S
HTLV1 M Q L A H I L Q P I R Q A F P Q C T I L Q Y M D D I L L A S
MuRRS E A L H R D L A S F R A E N S Q V T L L Q Y V D D L L L A A
HERV-E E A L A R D L Q K F P T R D L G C V L L Q Y V D D L L L G H
BaERV E A L H R D L T D F R T Q H P E V T L L Q Y V D D L L L A A
GaLV E A L H R D L A P F R A L N P Q V V L L Q Y V D D L L V A A
FeLV E A L H S D L A D F R V R Y P A L V L L Q Y V D D L L L A A
MuLV E A L H R D L A D F R I Q H P D L I L L Q Y V D D L L L A A
HSRV A D V V D L L K E I P N . . . . . . V Q V Y V D D I Y L S H
role s s s s s e s f f f f s s s s s
192 200 210 220
| | | |
HIV1 D L E I G Q H R T K I E E L R Q H L L R W G L T T P D K K H
SIVagm Q E N E H T H D K L V E Q L R T K L Q A W G L E T P E K K M
HIV2rod D R T D L E H D R V V L Q L K E L L N G L G F S T P D E K F
SIVmac D R T D L E H D R V V L Q L K E L L N S I G F S S P E E K F
EIAV N G S K K Q H K E L I I E L R A I L L E K G F E T P D D K L
FIV N L S K K E H K E K V E E L R K L L L W W G F E T P E D K L
VISNA D L G L E E H R G I V N E L A S Y I A Q Y G F M L P E D K R
CAEV D L E I K K H R E I V E E L A N Y I A Q Y R F T L P E E K R
SIVmnd D Y T A E E H E K A I V E L R A L L M T W N L E T P E K K Y
BIV N R D D . . H K Q I V Q E I R D K L G S Y G F K T P D E K V
SRV2 K L G E Q . V L Q C F A Q L K Q A L T T T G L Q I A P E K V
SRV1 K D G Q Q . V L Q C F D Q L K Q E L T I A G L H I A P E K I
SMRV-H D S A E A . A K A C Y A H I I S C L T S Y G L K I A P D K V
HERV-K E T K D K . L I D C Y T F L Q A E V A N A G L A I A S D K I
MPMV K D G Q Q . V L Q C F D Q L K Q E L T A A G L H I A P E K V
MMTV P S R S I . V D E I L T S M I Q A L N K H G L V V S T E K I
IAP-M K E L T M . L Q K A Y P F L L K T L S Q W G L Q I A T E K V
IAP-H K E L D V . L Q K A F P M L V A E L K Q W G L E I A S E K V
RSV S S H D G . L E A A G E E V I S T L E R A G F T I S P D K V
BLV P T E E Q . R S Q C Y Q A L A A R L R D L G F Q V A S E K T
HTLV2 P T N E E . L Q Q L S Q L T L Q A L T T H G L P I S Q E K T
HTLV1 P S H E D . L L L L S E A T M A S L I S H G L P V S E N K T
MuRRS T T E E N . C W Q G T K R L L A E L G E L G Y R A S A K K A
HERV-E P T A V G . W P R E Q M L Y S G T W R T V G I R C P R K K A
BaERV P T K K A . C T Q G T R H L L Q E L G E K G Y R A S A K K A
GaLV P T Y E D . C K K G T Q K L L Q E L S K L G Y R V S A K K A
FeLV A T R T E . C L E G T K A L L E T L G N K G Y R A S A K K A
MuLV T S E L D . C Q Q G T R A L L Q T L G N L G Y R A S A K K A
HSRV D D P K E . H V Q Q L E K V F Q I L L Q A G Y V V S L K K S
role e e e s s
222 230 234
| | |
HIV1 Q K . E P P F L W M G Y E L
SIVagm Q K . E P P Y E W M G Y K L
HIV2rod Q K . D P P Y H W M G Y E L
SIVmac Q K . D P P F Q W M G Y E L
EIAV Q E . V P P Y S W L G Y Q L
FIV Q E . E P P Y T W M G Y E L
VISNA Q E . G Y P A K W L G F E L
CAEV Q E . R Y P A K W L G Y E L
SIVmnd Q K . E P P F H W M G Y E L
BIV Q . . E E R V K W I G F E L
SRV2 Q L . Q D P Y T Y L G F Q I
SRV1 Q L . Q D P Y T Y L G F E L
SMRV-H Q V . S E P F S Y L G F E L
HERV-K Q T . S T P F H Y L G M Q I
MPMV Q L . Q D P Y T Y L G F E L
MMTV Q K . Y D N L K Y L G T H I
IAP-M Q I . S D T G Q F L G S V V
IAP-H Q I . A D T G L F L G S K I
RSV Q R . E P G V Q Y L G Y K L
BLV S Q T P S P V P F L G Q M V
HTLV2 Q Q T P G Q I R F L G Q V I
HTLV1 Q Q T P G T I K F L G Q I I
MuRRS Q L C Q M E L V Y L R Y T L
HERV-E Q I C R Q Q V C Y L G F T I
BaERV Q I C Q T K V T Y L G Y I L
GaLV Q L C Q R E V T Y L G Y L L
FeLV Q I C L Q E V T Y L G Y S L
MuLV Q I C Q K Q V K Y L G Y L L
HSRV E I G Q K T V E F L G F N I
role
Click here for a downloadable PDF version of this alignment